ストレージモードの場合です。公式に書いてありますがデフォルトでは出来ません。トークナイザーをoffにするかTokenMecabを利用しましょう。ラッパーモードは未確認。

http://mroonga.org/ja/docs/tutorial/storage.html

FULLTEXT INDEX (content) COMMENT 'tokenizer "TokenMecab"'

基本Mecab使いたいので私はmy.cnfに書きました。

[mysqld]
mroonga_default_tokenizer=TokenMecab