アップデート後にログインできない件

元々あるデータベースのパスワードのハッシュがおかしくなってる？っぽいので、パスワードを再変更すれば解決。

ユーザーを追加しようとしたらMySQL server has gone away

mysql_upgrade -uroot -p
service mysqld restart

これで解決。